Sejak awal kelahirannya, ciri khas yang paling melekat pada Muhammadiyah adalah fokus pengembangan pendidikan, terutama sekolah. Dalam dua dekade terakhir, Muhammadiyah mulai mengembangkan pesantren. Konsep pesantren yang dikelola Muhammadiyah memiliki ciri khas tersendiri yaitu mengintegrasikan pendidikan umum sekolah dengan pendidikan ala kaum santri. Saat ini pondok pesantren Muhammadiyah tersebar di sejumlah